O Ensino Médio do Colégio São Francisco - COC é dividido em duas fases. Os dois primeiros anos são dedicados à fundamentação teórica e à formação, sendo executado todo o conteúdo pedagógico do Ensino Médio. No terceiro ano (Terceirão®), a prioridade é a preparação para o vestibular, visando à revisão e à utilização do conteúdo visto nos dois primeiros anos. A meta é auxiliar na formação de vencedores e superar o desafio dos vestibulares.

      Para tal, os alunos do Ensino Médio são constantemente estimulados e preparados para participarem de atividades que visem a melhoria do ensino e contribuam para a descoberta precoce de talentos, a exemplo dos Simulados Internos e Nacionais e as Olimpíadas de Ciências.

     O material didático do Ensino Médio é elaborado para que haja total aproveitamento do aluno. Os conteúdos são divididos em módulos, de maneira a organizar o ritmo de aprendizado e a facilitar o desenvolvimento das aulas. A responsabilidade do São Francisco - COC em preparar os seus alunos para o ingresso nas melhores universidades faz com que os conteúdos programáticos sejam estudados com mais profundidade, não se restringindo àquela encontrada nos livros didáticos do mercado. Além disso, a coleção de livros impressos é acompanhada dos Livros Eletrônicos, desenvolvidos pelo COC, os quais trazem grande motivação para as aulas e para o estudo em casa.