Nas 4 séries finais, 6º ao 9º ano, o Colégio são Francisco - COC visa estimular a consciência reflexiva de seus alunos, o aprimoramento do raciocínio lógico e a capacidade de intervir criticamente na realidade.

Os conteúdos programáticos são ministrados durante as aulas, porém o aprendizado se efetiva durante o trabalho de fixação, que é  realizado por meio das tarefas. Assim, os alunos do COC, desde cedo, são instruídos para esse trabalho, desenvolvendo o hábito do estudo diário. A participação dos professores no processo de aprendizagem é vital, por isso o corpo docente do colégio é especialmente preparado para fazer o aluno aprender de verdade.

No Ensino Fundamental, o material didático exercita o prazer de aprender, preparando o aluno para interagir com o mundo que o rodeia e para vencer seus desafios. 
 

Esse material está estruturado em eixos temáticos, o que facilita a interdisciplinaridade e a contextualização dos conteúdos programáticos. Nessas séries, o material é composto de livros bimestrais de teoria, acompanhados dos respectivos Livros Eletrônicos, em CD-ROM, um moderno instrumento de ensino que possui recursos diversos, como hipertexto (explicação de uma palavra), animação, links, leituras complementares e ampliação de imagem.

A apresentação das disciplinas isoladamente tem sido uma barreira para o sucesso do processo de ensino-aprendizagem. Por essa razão o Sistema COC de Ensino desenvolveu um trabalho pioneiro ao organizar o conteúdo das disciplinas em torno de Eixos Temáticos.

Essa nova forma de trabalhar com os conteúdos respeita a tradicional divisão das disciplinas e a programação vertical série-a-série, porém, torna-se um elemento facilitador, resultando numa ferramenta poderosa que possibilita a apreensão e a fixação de conteúdos. Um mesmo tema é desenvolvido e exposto, simultaneamente, por todas as disciplinas.