No dia 19 de dezembro de 1949, a convite do Revmo. Frei Egídio de Elcito, Custódio Provincial dos Capuchinhos da Bahia e Sergipe, desembarcaram no Rio de Janeiro, vindas da Itália, seis irmãs da Congregação das Religiosas Franciscanas Imaculatinas.
Após uma passagem de poucos dias em Salvador, acolhidas pela Irmãs Sacramentinas, seguiram para Jaguaquara, dando início ao Iº trabalho missionário no Brasil. Em 1951, o custódio dos Capuchinhos da Bahia e Sergipe ofereceu às religiosas a direção de uma obra
social, em Alagoinhas, um orfanato e uma escola com a finalidade de dar amparo às meninas pobres.
Em 4 de outubro de 1951, realizou-se a sessão solene da instalação do Colégio São Francisco a funcionar uma casa doada `a Ordem Capuchinha pela viúva Sra. Auta Pinto.
A partir dessa data, inicia-se a história do Colégio São Francisco que começou a funcionar com um orfanato e uma escola primária.
E as Irmãs cumpriram sua missão educativa com o curso de Magistério de 1967 até 1988 e o Ensino Fundamental até 1990, quando o prédio foi alugado ao Governo Municipal e depois ao Governo do Estado.
Começando tudo de novo...
Em 22 de fevereiro de 1999 estava reaberto o CSF após uma grande reforma na sua estrutura física, mas com a mesma filosofia de trabalho, adaptada às mudanças educacionais e centradas na busca da qualidade e modernidade de ensino.
