Após renunciar ao mundo em 1206, Francisco fez penitência durante dois anos e lançou-se a pregar em linguagem simples e ardorosa. Francisco amava e respeitava todas as pessoas, ao mesmo tempo, que protegia animais e plantas aos quais chamava, carinhosamente, de irmãos. Para ele, também a chuva, o vento e o fogo deveriam ser reverenciados e respeitados como irmãos. São Francisco é respeitado por várias religiões pela sua mensagem de paz. Ficou famosa uma oração atribuída a ele que começa com os dizeres:

"Senhor, fazei-me instrumento de Vossa paz...". 

Embora não haja certeza de sua autoria, ela reflete mais que qualquer outra os ensinamentos e a vida desse grande homem, reconhecido como santo no mundo todo e adotado como patrono da ecologia e da paz.

O Santo de Assis aceitou os percalços e as vicissitudes da vida terrena, numa demonstração de coragem e de fé inabalável, sempre aceitou tudo se colocando dentro da virtude da humildade, e de todas as graças dadas pelo Espírito Santo, nenhuma é mais preciosa do que a da renúncia. O maior dom de Deus é o da vitória sobre o amor próprio. É feliz todo aquele que suporta todos os sofrimentos por amor a Deus. 

Em toda sua vida religiosa espalhou o amor universal, a caridade, a paz e a humildade, levando felicidade a muitas almas, quantas vezes no fim da sua vida, doente estigmatizado e quase cego visitava cidades e aldeias pregando as verdades evangélicas, atendia os pobres, os leprosos e necessitados, com seu coração cheio de santas consolações pedindo a paz, jamais dando por terminada sua missão terrena e desejando ainda servir a Deus.
Nunca consumia mais que o mínimo necessário para viver e incentivava a todas as pessoas a fazerem o mesmo. Tem-se dito, que, imitando a cavalaria, Francisco também teve a sua dama, Madonna Povertà, a Senhora Pobreza, que ele serviu e cantou com grande entusiasmo.

Corrigia com doces palavras, mas sabia ser enérgico quando necessário. Falava aos seus filhos espirituais para que se afastassem do orgulho, vaidade, egoísmo e avareza, que fossem sempre o exemplo da santa pobreza (como ela a chamava), humildade, caridade e trabalho. Sempre foi simples em tudo, severo consigo mesmo, mas benigno com os outros. Nos ensinamentos do Evangelho encontrava o apoio para aliviar a dor de aquelas almas que em desespero acudiam a ele, e através da sua fervorosa oração operou grandes milagres.

Ele dizia: "Tudo o que faço é Nosso Senhor que me guia". Sua alma pura e cristalina aparecia aureolada de luz e ao igual que o Apóstolo Paulo repetia: "Já não vivo eu, é Cristo que vive em mim". Suas orações e meditações, constantes e prolongadas por dias e noites eram elevadas ao Ser Divino, que ele tanto amava, eram de adoração, de louvor e de ação de graças, ardentes diálogos para poder servir melhor ao Senhor, outras para pedir pelos pobres, os doentes e desamparados, ou para implorar sem cessar a Deus por seus filhos espirituais, temendo a infidelidade de uns e a deserção de outros. Conta-se que estando ante uma visão divina, dizia humildemente:

"Senhor Deus, que será depois da minha morte, da tua pobre família, que por tua benignidade foi entregue a mim pecador? Quem a confortará? Quem a corrigirá? ou Quem rogará por ela?

Prometeu-lhe o Senhor que seus filhos espirituais não desapareceriam da face da terra, até o fim dos tempos, grandes graças do céu receberiam os religiosos da Ordem que permanecessem na prática do bem e na pureza da Regra. Os frades Franciscanos já existem há mais de 800 anos.